Ecnomiohyla rabborum được phân loại trong chi Ecnomiohyla của phân họ Hylinae, họ Hylidae.[3] Nó được mô tả năm 2008 bởi nhóm nhà bò sát và lưỡng cư học gồm Joseph R. Mendelson III, Jay M. Savage, Edgardo Griffith, Heidi Ross, Brian Kubicki, và Ronald Gagliardo. Khi được khám phá năm 2005, ban đầu nhóm tưởng nhầm nó là Ecnomiohyla fimbrimembra, nhưng Kubicki nhận ra nó là loài mới.[4] Các mẫu vật điển hình được đưa vào môi trường nuôi nhốt. Các mẫu vật là những con nòng nọc được Griffith và Ross thu thập ở vùng gần El Valle de Antón, Coclé, Panama ngày 15 tháng 7 năm 2005.[5]

Tên chi Ecnomiohyla đến từ tiếng Hy Lạp ecnomios ("kỳ lạ" hay "bất thường") và Hylas, tình nhân của Hercules.[5][6][7] Tên loài được đặt để vinh danh hai nhà bảo tồn học, và bò sát và lưỡng cư học là George B. Rabb, và Mary S. Rabb.[8]